网络药理学实验步骤图-网络药理学分析
大家好,今天小编关注到一个比较有意思的话题,就是关于网络药理学实验步骤图的问题,于是小编就整理了1个相关介绍网络药理学实验步骤图的解答,让我们一起看看吧。
1、网络药理学步骤流程?
网络药理学的步骤流程主要包括以下几个关键阶段:
中药活性成分鉴定:首先,需要在数据库如TCMSP, TCM-ID, HIT2等中鉴定中药中包含的化合物成分。
活性成分毒性预测:通过计算化合物的QED值(类药性综合指标)gt;0.2来筛选有效的活性成分。
活性成分靶基因提取:在HIT2, SwissTargetPrediction, Super-PRED数据库中检索活性成分的靶基因。
疾病靶基因获取:在Genecards, DisGeNET中搜索疾病的靶基因。
疾病差异基因筛选:在GEO数据库下载疾病转录组数据集,利用limma程序包进行差异基因筛选。
交集基因鉴定:鉴定疾病相关基因-药物靶基因-差异基因共有的交集基因。
药物-活性成分-靶基因网络构建:在cytoscape中构建药物-活性成分-靶基因关系网络。
富集分析amp;PPI分析:利用R语言进行GOamp;KEGG富集分析,并在STRING中构建PPI网络。
核心基因鉴定:在cytoscape中利用cytohubba插件进行核心子网络筛选,鉴定核心基因。
机器学习预测基因-活性成分结合得分:通过机器学习预测核心基因和核心活性成分的结合得分。
分子对接:利用Autodock vina软件进行分子对接,评估靶基因-活性成分的作用关系。
这一系列步骤构成了网络药理学的基本流程,旨在通过分析中药中的活性成分及其与靶点之间的相互作用,揭示中药治疗疾病的潜在机制
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