网络药理学具体运用什么(网络药理学具体运用什么学科)
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1、网络药理学答辩常问的问题?
网络药理学答辩中常问的问题主要包括:
1:大分子的多肽类药物是否适用于网络药理学研究?虽然小分子药物成分在网络药理学中更为常见,大分子如多肽和蛋白质也可以通过查阅文献和进行富集分析来研究其相关靶点。大分子的分子对接和药物设计具有其特殊性,需要考虑分子大小和运动特性。
2:如何确定交集靶点对应的有效成分?可以通过CytoCNA分析来评估成分与靶点的Degree值,选择核心靶点和核心成分进行进一步的分子对接研究。同时,考虑疾病的核心靶点和确证通路来缩小有效成分的范围。
3:在筛选化合物时,如何处理OB和DL值导致的问题?可以通过增加筛选条件,如HL和BBB等,来优化筛选过程。同时,结合文献来补充活性成分,避免同质化现象1。
4:面对STRING数据库分析后的基因数量减少如何解释?这可能与设置的minimum required interaction score阈值有关。不同的阈值会影响到的基因数量,同时考虑到蛋白-蛋白关联信息的不完备性和注释的可靠性。
5:网络药理学相关的期刊推荐有哪些?可以通过网络公众号推文了解相关期刊,如《云生信学生物信息学》等,也可以在小木虫等平台上询问其他研究者的投稿经验。
6:如何理解和使用Degree Centrality、Closeness Centrality和Betweenness Centrality等指标?这些指标可以帮助评估药物在生物网络中的关键性和重要性。在Cytoscape等工具中可以进行分析和可视化。
以上问题涵盖了网络药理学研究中的关键技术和分析方法,包括大分子药物的设计、有效成分的筛选、数据库分析的解释以及关键性指标的应用等方面。
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