蛋白质组或代谢组学-代谢组与蛋白组学关系
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1、四大组学如何筛选分子标志物
基因组学:通过DNA芯片或高通量测序技术对大规模基因组数据进行分析,从而找出与疾病相关的遗传变异及其基因表达情况。蛋白质组学:通过质谱、免疫印迹等技术鉴定疾病状态下不同样本(如血清、组织等)中蛋白质表达差异,找出与疾病相关的蛋白质标志物。
气相色谱质谱联用(GC-MS):气相色谱法是利用不同物质在固定相和流动相中的分配系数不同,使不同化合物从色谱柱流出的时间不同,达到分离化合物的目的。
验证上述筛选出的生物标志物组,或选择特定的生物标志物组,计算区分效果(AUC)值。可以从构建的最佳生物标志物组中进一步选择样本进行验证,也可以手动选择生物标志物组进行分析。如上例中筛选出的2个代谢物的为最佳生物标志物组进行验证下。
二维凝胶电泳(2DE):2-DE 是一种比较常见的蛋白质分离和纯化技术,能够将复杂的蛋白质混合物进行高效分离,并且能够定量检测不同样品中蛋白质的差异表达。通过将多个样品中蛋白质在 pH 梯度上的移动距离、分子量和荧光强度等特征进行比较,可以筛选出差异表达的蛋白。
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