代谢组学blank,代谢组学分析
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1、代谢组学 如何查找代谢通路
代谢通路:目前在通路数据库(PATHWAY database) 中代谢通路是建立得最好的,有大约90个参考代谢途径的图形。每个参考代谢途径是一个由酶或EC号组成的网络。利用如下方法可通过计算机构建出生物体特有 的代谢通路:先根据基因的序列相似性和位置相关性确定基因组中酶的基因。然后合理地安排EC号。
代谢组学:研究细胞的代谢物和代谢过程,可以发现新的代谢通路。系统生物学:结合多种生物学技术,如基因敲除、RNA干扰、CRISPR/Cas9等,研究细胞的全局反应和变化,有助于发现新的细胞通路。生物信息学分析:通过计算机算法和数据库,可以预测和识别新的基因、蛋白质和代谢物的功能和相互作用。
对于非靶向代谢组学研究,需要提取细胞和体液中的多种代谢物,并去除无需分析的蛋白质等成分。再加上代谢物的理化性质多样,丰度动辄相差若干数量级,更进一步增加了提取的难度。液液萃取这种两相分离方法常被用于代谢物的提取。
首先通过代谢物检测,发现不同颜色品种的菊花积累的花青素类型和含量并不一致;然后进行转录组测序,在众多差异基因及代谢通路中,我们可以重点研究与花青素合成相关的代谢通路上的基因,从而一方面快狠准地找到导致颜色差异的功能基因,另一方面代谢组的结果也相当于是对转录组结果的验证。
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