高质量代谢组学,代谢组学——方法与应用
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1、代谢组学怎么筛选差异代谢物质?
代谢组学筛选差异代谢物质一般有以下几个步骤:
1. 样本采集:采集不同生理状态的样本,例如对照组和实验组等。
2. 样本处理:对样本进行预处理,包括样本提取、样本转化、样本清洁、代谢物分离等。
3. 质谱分析:用质谱对样本中的代谢物进行分析,一般采用液质联用或气质联用的技术。
4. 数据处理:将质谱分析的结果进行数据处理,分析不同样本中代谢物的数量和变化趋势。
5. 差异代谢物筛选:利用统计学方法对数据进行分析,筛选出在不同样本中特异性增加或减少的代谢物。常用的方法包括t-test、方差分析(ANOVA)、多重假设校正等。
6. 生物信息学分析:对筛选出的差异代谢物进行生物信息学分析和注释,寻找其代谢途径及生物学功能。
需要注意的是,差异代谢物的筛选过程中需要注意控制误差,如样本预处理和技术重复性等。同时,为了避免漏诊或误诊,建议采用多种方法进行筛选,并对结果进行验证。
代谢组学通常使用统计方法来筛选差异代谢物质。一般来说,可以采用单变量分析(如t检验)或多变量分析(如主成分分析、偏最小二乘法回归等)来鉴定在不同条件下显著变化的代谢物。同时也需要进行多重比较校正和验证实验以保证结果的可靠性。
代谢组学可以通过以下三步骤来筛选差异代谢物质:明确结论 原因 1. 筛选代谢物:第一步是通过代谢组学技术手段如质谱或核磁共振等,对研究对象的生物体液、组织、细胞等进行代谢物的筛选和检测。
2. 鉴定差异代谢物:第二步是对筛选得到的代谢物进行差异分析,确定其中具有显著差异性的分子,这些分子即为差异代谢物。
3. 分析差异代谢物:第三步是对差异代谢物进行结构分析、生物学功能的鉴定和途经分析,深入探究它们在生物学系统中调节和影响的机理,以期更深层次地疾病发生、发展的分子机制。
因此,代谢组学通过上述步骤在分子层面上为疾病的早期诊断、评估和分子机制研究提供了重要工具和手段。
方法主要有以下三种:
1.
倍数变化法(FC值)
2.
T检验法(P值、FDR值)
3.
(O)PLS-DA法(VIP值) 一、倍数变化发 倍数变化法即根据代谢物的相对定量或绝对定量结果,计算某个代谢物在两组间表达量的差异倍数(Fold Change),简称FC值。假设A物质在对照组中定量结果为1,在疾病组中定量结果为3,那么此物质的FC值即为3。
1
将待测样本用4℃预冷的pbs清洗2次,加入超纯水匀浆,涡旋,加入提取液,涡旋,超声破碎2次,沉淀,离心,将上清冷冻干燥后得到粉状代谢混合物,将代谢混合物于-80℃下冻存,备用;
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先将第一步冻存的代谢混合物复溶...
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确定每种代谢物质;
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筛选显著性差异代谢物质。
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