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一个代谢组学测序周期,代谢组学的研究层次

一个代谢组学测序周期,代谢组学的研究层次

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  1. 【代谢组学】现代仪器分析技术—代谢组学技术基础及原理
  2. 与转录组学和蛋白组学比较,代谢组学有何优点
  3. 代谢组学如何结合16S 测序与宏基因组测序

1、【代谢组学】现代仪器分析技术—代谢组学技术基础及原理

代谢组学隶属于组学范畴之内,目前关注度颇高,它是了解小分子代谢物质(相对分子质量小于1000)数量、种类、丰度的研究技术,可以对小分子物质进行全面的定性及定量分析,并寻找代谢物与环境因子变化的相对关系。

代谢组学分析如下:代谢组学研究可分为两类:“发现代谢组学”(也称“非靶向代谢组学”)和“靶向代谢组学”。

代谢组学的研究方法与蛋白质组学的方法类似,通常有两种方法。一种方法称作代谢物指纹分析 (metabolomic fingerprinting),采用液相色谱-质谱联用(LC-MS)的方法,比较不同血样中各自的代谢产物以确定其中所有的代谢产物。

代谢组学在茶叶研究中的应用主要有品质鉴定、生理生化过程、功能性成分分析。品质鉴定 通过分析茶叶中代谢产物的种类和含量,鉴定茶叶的品质、产地、品种。不同地区的茶叶具有的独特的香气和口感,与代谢产物的组成密切相关。

靶向代谢组学新技术,区别于传统的非定向代谢组学,具有如下优势:样品种类多:生物流体(血液、尿、唾液、肠道微生物)、环境样品、细胞、动植物组织、污水、药品、食品。

2、与转录组学和蛋白组学比较,代谢组学有何优点

相对于传统芯片而言,转录组测序无需预先设计探针,即可对任意物种的任意细胞类型的转录组进行检测,能够提供更精确的数字化信号,更高的检测通量以及更广泛的检测范围,是目前深入研究转录组复杂性的强大工具。

代谢组学.基因组学研究的主要是基因组DNA,使用方法目前以二代测序为主,将基因组拆成小片段后再用生物信息学算法进行迭代组装,当然这仅仅是第一步,随后还有繁琐的基因注释等数据分析工作。

尽管还没有经典论文出现,但是研究人员相信,与基因组学和蛋白质组学相比,代谢组学将在临床上发挥更大的作用。

代谢组学是基因组学、转录组学和 蛋白质组学 的下游补充,提供生物系统生理状态的总体评估。它代表了遗传调节的终点及其对细胞中酶活性和内源性生化反应变化的影响。

3、代谢组学如何结合16S 测序与宏基因组测序

这里我们采用基于秩的检验方法,其中基因集富集分析(GSEA)是在转录组数据背景下进行代谢路径分析的一个常见例子,它也可以应用于代谢组数据。

此外,还需要结合基因组学研究获得的数据。Gary Siuzdak博士在美国克利普斯研究院(TSRI)从事生物信息学问题的研究,他设计了一个分析来自不同样品代谢产物变化的实验方案。

代谢组学(Metabonomics/Metabolomics)是20世纪90年代末期发展起来的一门新兴学科,是研究关于生物体被扰动后(如基因的改变或环境变化后)其代谢产物(内源性代谢物质)种类、数量及其变化规律的科学。

基因组学marker验证实验 基因表达 逆转录定量PCR(qRT-PCR)是在样品量少或者非常珍贵的情况研究基因表达的模式。

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