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代谢组学数据用什么分析(代谢组学可以检测哪些样品)

代谢组学数据用什么分析(代谢组学可以检测哪些样品)

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  1. 【代谢组学】3.数据分析
  2. 非靶向 | 靶向代谢组学数据分析总结-纲要
  3. 用PLS和OPLS分析代谢组数据

1、【代谢组学】3.数据分析

代谢物提取,一般要求每组至少10个样; 在所有提取好的样本中取等量混合作为QC; QC样本与实验样本穿插上机,开始十个QC,结尾三个QC,中间每十个样本穿插一个QC样本 。

这里我们采用基于秩的检验方法,其中基因集富集分析(GSEA)是在转录组数据背景下进行代谢路径分析的一个常见例子,它也可以应用于代谢组数据。

在中心法则的指导下,基因组、转录组、蛋白组通常以 信息流 的方式呈现,而代谢组被认为是新陈代谢的结果。

本部分分析内容与常规代谢组学一致,主要针对代谢物含量开展单维与多维统计学分析、KEGG通路分析、表达量相关性分析、聚类热图、代谢物分类等分析。

2、非靶向 | 靶向代谢组学数据分析总结-纲要

代谢组学分析如下:代谢组学研究可分为两类:“发现代谢组学”(也称“非靶向代谢组学”)和“靶向代谢组学”。

靶向代谢组学新技术,区别于传统的非定向代谢组学,具有如下优势:样品种类多:生物流体(血液、尿、唾液、肠道微生物)、环境样品、细胞、动植物组织、污水、药品、食品。

拟靶向代谢组学主要包括三个步骤:(1)基于四极杆飞行时间质谱的非靶向分析;(2)母离子/产物离子对的选择及检测参数优化;(3)使用三重四极杆或QTRAP质谱采用MRM模式(包括上述离子对)对样品进行分析。

新污染物的鉴别是一个复杂的过程,非靶向识别流程是其常用的方法之一。下面是新污染物非靶向识别流程的第一步:采集样品:从可能存在新污染物的环境中采集样品,如水体、土壤、空气等。

在我们国家大约有百分之九十的淋巴瘤是属于非霍奇金淋巴瘤,所以对于此病的治疗就非常重要了。在非霍奇金淋巴瘤当中淋巴瘤弥漫大B细胞淋巴瘤是最为常见的一种疾病,这种病一般通过CHOP的化疗方案就能够治疗康复。

3、用PLS和OPLS分析代谢组数据

数据格式:确保数据以SIMCA-P软件能够识别的格式导入,通常是CSV或Excel格式。数据组织:数据应该组织为样本(行)和变量(列),例如,在代谢组学研究中,每一行代表一个样本,每一列代表一个代谢物。

PLS-DA作为一种有监督的分析方法,在分析时必须对样品进行指定并分组,这样分组后模型将自动加上一个隐含的数据集Y,这种模型计算的方法强行把各组分门别类,有利于发现不同组间的异同点。

PLS-DA(偏最小二乘判别分析)图通常用于展示和解释高维数据集中的分类或群体分离。

代谢物提取,一般要求每组至少10个样; 在所有提取好的样本中取等量混合作为QC; QC样本与实验样本穿插上机,开始十个QC,结尾三个QC,中间每十个样本穿插一个QC样本 。

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