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3. 深度空间代谢组学QA(三)| 常规分析内容及数据清洗策略

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graphpadpri***7怎么做热图？如何使用graphpadpri***制作热图啊？点开Graphpadpri***0软件，如图所示。将XY换成Grouped。如图所示。点击heatmap（热图），点击create，开始热图绘制。

打开GraphPad Pri *** ，双击即新建文件，弹出以下界面。选择适合的类型，此处以Grouped为例，选择数据类型/重复数，分组输入数据后点击Graphs（图中方框 2处）。弹出窗口，选择图表类型。

第一种折线图做法 根据Table1的原始数据（4个样本在4个时间点分别测得的OA值）做折线图。

打开GraphPad Pri *** 6，选择XY图（XY graphs），折线图图标，因为是原始数据，需要软件帮你计算均值和误差，因此会弹出以下界面。

点T这个符号直接键盘按shift 8就可以加上了。 GraphPad Prism 由GraphPad Software公司推出，是一款数据处理与图形软件。

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点击左侧的graphs底下的Data1，弹出如下对话框。这里的热图有几种表现形式，你可以挑选你想要的形式，这里选择第四种。点击ok，即可出现你想要的结果。点击export，可输出你想要的图片来。这里选择tiff格式。

点开Graphpadpri***0软件，如图所示。将XY换成Grouped。如图所示。点击heatmap（热图），点击create，开始热图绘制。接着在Group底下那一栏输入你要研究的基因名称，在tableformatgrouped下方输入组别名称。如下图所示。

点开Graphpad pri *** 0软件，如图所示。将XY换成Grouped。如图所示。点击heat map（热图），点击create，开始热图绘制。接着在Group底下那一栏输入你要研究的基因名称，在table format grouped下方输入组别名称。

点T这个符号直接键盘按shift 8就可以加上了。 GraphPad Prism 由GraphPad Software公司推出，是一款数据处理与图形软件。

一般的热图上都是方块形的颜色的变化。我们可以通过cell_fun参数来对热图本身进行自定义。这个参数本质是一个for循环的函数。这个接受7个参数分别是：-j矩阵当中行的索引。-i矩阵当中的列的索引。

3、深度空间代谢组学QA(三)| 常规分析内容及数据清洗策略

空间聚类分析（Segmentation）空间聚类分析的本质是一张空间聚类分析的热图，通过聚类算法后，对有相似代谢模式的区域使用同一种颜色标注，清晰直观的从分子层面对切片进行区域分型。

代谢组学（metabonomics/metabolomics）是效仿基因组学和蛋白质组学的研究思想，对生物体内所有代谢物进行定量分析，并寻找代谢物与生理病理变化的相对关系的研究方式，是系统生物学的组成部分。

公司介绍：苏州帕诺米克（BioNovoGene）最早是做基因检测服务的，2017左右聚焦做代谢组学，改名为诺米代谢（PanoMIX），公司2021年获得元生创投亿级融资。

基因编辑：基因编辑技术，特别是CRISPR-Cas9技术，已成为生命科学领域的一个重要工具。它可以准确地更改基因序列，对于治疗遗传性疾病、创新农业生产和研究动植物等领域都具有巨大的潜力。

深度学习在处理高维基质转录组学数据方面也取得了一些成功。

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