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1. 用代谢组学「语言」诠释中医药内涵
2. 【代谢组学】4.生物标志物分析
3. 【代谢组学】代谢组学与其他组学数据的整合
4. 【代谢组学】3.数据分析

1、用代谢组学「语言」诠释中医药内涵

植物代谢组学技术具有整体分析的能力，符合中医药整体观理论能够反映外源性物质对生物体产生的整体性效应，适用于中药等复杂体系的分析等优势。

代谢组学创始人、英国帝国理工大学Jeremy Nicholson教授认为人体应该作为一个完整的系统来研究，应用代谢组学来理解疾病过程，与中医的整体观和辨“证”论治思维方式不谋而合。

时下热门的代谢组学分析认为，中药成分对生物体代谢网络的扰动作用可能是直接作用于核受体-代谢酶系统，也可能影响其他病理环节、信号通路从而间接调控代谢，还可以通过肠道菌群影响机体的系统代谢网络。

数量及其变化规律的科学，研究生物整体、系统或器官的内源性代谢物质及其与内在或外在因素的互作。“代谢组学”已成为运用系统生物学研究中医药的重要手段，还可能成为我国传统医学走向国际化的通用语言。

中医药对疫病理论的认识也有提升。总结新冠肺炎病例的特点，借助现代科技手段，包括代谢组学的手段，快速筛选包括“三药三方”在内的一批方药，供给临床使用。各个部委近两年密切出台了一系列扶持发展中医药的政策。

2、【代谢组学】4.生物标志物分析

可以看出，图中最佳的生物标志物组是基于PLS-DA分析VIP值排序的前2个代谢物组成的生物标志物组。验证上述筛选出的生物标志物组，或选择特定的生物标志物组，计算区分效果（AUC）值。

代谢组学的研究方法：代谢组学研究一般包括代谢组数据的采集、数据预处理、多变量数据分析、标记物识别和途径分析等步骤。生物样品（如尿液、血液、组织、细胞和培养液等）采集后进行生物反应灭活、预处理。

基本原理 生物标志物是指发现于地质体中的化学性质稳定、碳骨架结构具有明显生物起源特征的有机化合物。如甾类和萜类化合物烷。

代谢组学 ：利用高通量的技术来鉴定和定量一个细胞、组织或器官中所有小分子或代谢物的生命科学研究。代谢组学应用：PS：TIC是在GC-MS或LC-MS等方法中使用的一种色谱图。

3、【代谢组学】代谢组学与其他组学数据的整合

这里我们采用基于秩的检验方法，其中基因集富集分析（GSEA）是在转录组数据背景下进行代谢路径分析的一个常见例子，它也可以应用于代谢组数据。

肝脏疾病与肝细胞分裂能力下降密切相关，并且细胞代谢对组织稳态和再生很重要。由于代谢变化是肝脏疾病的标志，因而对代谢和细胞分裂之间的联系进行了研究。

[代谢组学与 16S 的检测主要是物种类别或者丰度与代谢产物丰度的关联。而宏基因组与代谢组学的关联主要是其代谢通路与基因功能和代谢产物的关联。

代谢组学隶属于组学范畴之内，目前关注度颇高，它是了解小分子代谢物质（相对分子质量小于1000）数量、种类、丰度的研究技术，可以对小分子物质进行全面的定性及定量分析，并寻找代谢物与环境因子变化的相对关系。

4、【代谢组学】3.数据分析

代谢物提取，一般要求每组至少10个样； 在所有提取好的样本中取等量混合作为QC； QC样本与实验样本穿插上机，开始十个QC，结尾三个QC，中间每十个样本穿插一个QC样本 。

这里我们采用基于秩的检验方法，其中基因集富集分析（GSEA）是在转录组数据背景下进行代谢路径分析的一个常见例子，它也可以应用于代谢组数据。

在中心法则的指导下，基因组、转录组、蛋白组通常以 信息流 的方式呈现，而代谢组被认为是新陈代谢的结果。

本部分分析内容与常规代谢组学一致，主要针对代谢物含量开展单维与多维统计学分析、KEGG通路分析、表达量相关性分析、聚类热图、代谢物分类等分析。

代谢组学分析如下：代谢组学研究可分为两类：“发现代谢组学”（也称“非靶向代谢组学”）和“靶向代谢组学”。

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