蛋白质组学和代谢组学检测的区别-蛋白组 代谢组
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1、如何找到新的细胞通路
在你将配体作用于细胞后,如果你对这个通路一无所知的话,你可以首先做一个蛋白质组的研究,检测一下阳性组和对照组之间蛋白表达的差异,蛋白磷酸化的差异等等,找出差异之后,在单个验证,利用敲出等技术。
rnaseq这么找通路:KEGG:KyotoEncyclopediaofGenesandGenomes(KEGG)是一种面向整个基因组的路径数据库,包括有关代谢和细胞过程的通路。
首先打开KEGG数据库,你会进入下面这个界面,点击KEGGPATHWAY。红框标识的是PATHWAY的一级分类,蓝框框住的是二级分类。比如第一个Metabolismpathway的二级pathway已经列出来了。
b.PIP2信号通路:胞外signal 膜受体→PIP2IP3 DAG,IP3→内源钙→细胞溶质,胞内Ca2 浓度升高→启动Ca2 信号系统,DAGCM上活化蛋白激酶PKC→DG/PKC信号传递passwa。
http:/cgap.nci.nih.gov/Pathways/BioCarta_Pathways,在页面的旁边有pathway searcher,大家可以通过它找到自己需要的内容。信号通路是指能将细胞外的分子信号经细胞膜传入细胞内发挥效应的一系列酶促反应通路。
2、“基因组”“蛋白组”“转录组”“代谢组”的异同?
组学omics,研究的是整体. 按照分析目标不同主要分为基因组学,转录组学,蛋白质组学,代谢组学。基因组学研究的主要是基因组DNA,使用方法目前以二代测序为主,将基因组拆成小片段后再用生物信息学算法进行迭代组装。
比较形象的解释:基因组学反映了什么是可以发生的,转录组学反映的是将要发生的,蛋白质组学指出了赖以发生的, 代谢组学反映已经发生的。
四大组学是指基因组学、蛋白质组学、代谢组学和转录组学。基因组学:通过DNA芯片或高通量测序技术对大规模基因组数据进行分析,从而找出与疾病相关的遗传变异及其基因表达情况。
转录组即某个物种或特定细胞在某一功能状态下产生的所有RNA(包括mRNA,smallRNA及non-coding RNA等)的总和。
3、四大组学如何筛选分子标志物
验证上述筛选出的生物标志物组,或选择特定的生物标志物组,计算区分效果(AUC)值。可以从构建的最佳生物标志物组中进一步选择样本进行验证,也可以手动选择生物标志物组进行分析。
二维凝胶电泳(2DE):2-DE 是一种比较常见的蛋白质分离和纯化技术,能够将复杂的蛋白质混合物进行高效分离,并且能够定量检测不同样品中蛋白质的差异表达。
随着现代分子生物学和细胞生物学在癌症研究中的广泛应用,癌症的发生机制正在逐渐被揭示。癌症的早期诊断和早期治疗呼唤灵敏、特异的肿瘤标志物的发现,研究癌症相关蛋白的修饰由于可能导致发现新的特异抗癌药物靶蛋白而备受关注。
MALDI的基本原理是将分析物分散在基质分子(尼古丁酸及其同系物)中并形成晶体,当用激光(337nm的氮激光)照射晶体时,基质分子吸收激光能量,样品解吸附,基质-样品之间发生电荷转移使样品分子电离。
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