自动缩放代谢组学-【代谢组学】3.数据分析
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1、【代谢组学】3.数据分析
代谢物提取,一般要求每组至少10个样; 在所有提取好的样本中取等量混合作为QC; QC样本与实验样本穿插上机,开始十个QC,结尾三个QC,中间每十个样本穿插一个QC样本 。
这里我们采用基于秩的检验方法,其中基因集富集分析(GSEA)是在转录组数据背景下进行代谢路径分析的一个常见例子,它也可以应用于代谢组数据。
在中心法则的指导下,基因组、转录组、蛋白组通常以 信息流 的方式呈现,而代谢组被认为是新陈代谢的结果。
本部分分析内容与常规代谢组学一致,主要针对代谢物含量开展单维与多维统计学分析、KEGG通路分析、表达量相关性分析、聚类热图、代谢物分类等分析。
代谢组学分析如下:代谢组学研究可分为两类:“发现代谢组学”(也称“非靶向代谢组学”)和“靶向代谢组学”。
2、“基因组”“蛋白组”“转录组”“代谢组”的异同?
组学omics,研究的是整体. 按照分析目标不同主要分为基因组学,转录组学,蛋白质组学,代谢组学。基因组学研究的主要是基因组DNA,使用方法目前以二代测序为主,将基因组拆成小片段后再用生物信息学算法进行迭代组装。
比较形象的解释:基因组学反映了什么是可以发生的,转录组学反映的是将要发生的,蛋白质组学指出了赖以发生的, 代谢组学反映已经发生的。
四大组学是指基因组学、蛋白质组学、代谢组学和转录组学。基因组学:通过DNA芯片或高通量测序技术对大规模基因组数据进行分析,从而找出与疾病相关的遗传变异及其基因表达情况。
转录组即某个物种或特定细胞在某一功能状态下产生的所有RNA(包括mRNA,smallRNA及non-coding RNA等)的总和。
3、组学是指的什么概念?
组学omics,研究的是整体. 按照分析目标不同主要分为基因组学,转录组学,蛋白质组学,代谢组学。基因组学研究的主要是基因组DNA,使用方法目前以二代测序为主,将基因组拆成小片段后再用生物信息学算法进行迭代组装。
“组”指的是生物学中一类研究对象的总称。而“组学”就是对这一类对象进行系统性研究的学科。所以说,微生物组学就是对某一特定环境中全部微生物的总和进行系统性研究并研究其之间的相互作用。
概念 蛋白质组学是阐明生物体各种生物基因组在细胞中表达的全部蛋白质的表达模式及功能模式的学科;包括鉴定蛋白质的表达、存在方式(修饰形式)、结构、功能和相互作用等。
“组学”就是从整体水平上以全局眼光对机体的生命活动规律进行研究,“多组学”就是将两个及以上的单一组学联合起来进行全面综合分析。
4、代谢组在植物研究中的应用现状
植物次生代谢产物已被广泛应用于乳腺癌、肝癌、食管癌、糖尿病、高血压等疾病的治疗和预防。同时,植物次生代谢产物还可以用于抗氧化、祛痘、美白、抗炎等美容保健领域。
是不错的,但是代谢组本身还是一个发展中的新型学科,一些关键性技术还有待突破,如果你只想使用代谢组学而不去深入的研究它的话就应该没问题,如果想要进一步研究代谢组学方法就需要有相当的分析化学知识。
代谢组学”可能成为我国传统医学走向国际化的通用语言。
作为现代农业、林业和园艺等领域的基础学科,植物生理学的研究和应用对人类社会的发展、生存和环境保护具有深远的影响。在科研中,高级植物生理学的应用领域广泛。
步骤1:不同蓝莓品种在整个发育阶段的总代谢物含量和抗氧化活性研究;步骤2:蓝莓提取物的抗癌活性研究;步骤3:代谢组学分析;步骤4:生物标志物的筛选及其与抗癌活性的相关性研究。
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