代谢组学差异基因-代谢组学和基因组学
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1、“基因组”“蛋白组”“转录组”“代谢组”的异同?
组学omics,研究的是整体. 按照分析目标不同主要分为基因组学,转录组学,蛋白质组学,代谢组学。基因组学研究的主要是基因组DNA,使用方法目前以二代测序为主,将基因组拆成小片段后再用生物信息学算法进行迭代组装。
比较形象的解释:基因组学反映了什么是可以发生的,转录组学反映的是将要发生的,蛋白质组学指出了赖以发生的, 代谢组学反映已经发生的。
四大组学是指基因组学、蛋白质组学、代谢组学和转录组学。基因组学:通过DNA芯片或高通量测序技术对大规模基因组数据进行分析,从而找出与疾病相关的遗传变异及其基因表达情况。
转录组即某个物种或特定细胞在某一功能状态下产生的所有RNA(包括mRNA,smallRNA及non-coding RNA等)的总和。
2、如何利用代谢组学结果画代谢通路
蛋白质组学:通过研究蛋白质的表达、相互作用和修饰,可以识别出新的蛋白质通路和信号转导过程。代谢组学:研究细胞的代谢物和代谢过程,可以发现新的代谢通路。
结果表明,调整水相/有机相的比例对于两相分离非常重要。同时水相pH 值对提取的代谢物数量也有很大影响,为了提取尽可能多的代谢物,需要采用多个pH 值进行提取。
在中心法则的指导下,基因组、转录组、蛋白组通常以 信息流 的方式呈现,而代谢组被认为是新陈代谢的结果。
代谢物提取,一般要求每组至少10个样;在所有提取好的样本中取等量混合作为QC;QC样本与实验样本穿插上机,开始十个QC,结尾三个QC,中间每十个样本穿插一个QC样本。
代谢组学的研究方法与蛋白质组学的方法类似,通常有两种方法。一种方法称作代谢物指纹分析 (metabolomic fingerprinting),采用液相色谱-质谱联用(LC-MS)的方法,比较不同血样中各自的代谢产物以确定其中所有的代谢产物。
3、代谢组差异代谢物分析简介
代谢物 :所有分子量小于1500Da的小分子物质,包括糖类、核苷、有机酸、酮类化合物、多肽、氨基酸、有机胺类、醛类化合物、脂质、萜类、类固醇、生物碱、小分子药物等等。代谢组 :一个细胞、组织、器官中所有代谢物的集合。
代谢组学是从整体上研究复杂生命现象的新兴学科。研究代谢组学的关键是要发展大规模、并行化测定复杂混合体系中代谢物组成信息和对大量数据进行分析和建模的能力。技术手段的发展是代谢组学发展的关键因素。
代谢组学(metabonomics/metabolomics)是效仿基因组学和蛋白质组学的研究思想,对生物体内所有代谢物进行定量分析,并寻找代谢物与生理病理变化的相对关系的研究方式,是系统生物学的组成部分。
代谢组学隶属于组学范畴之内,目前关注度颇高,它是了解小分子代谢物质(相对分子质量小于1000)数量、种类、丰度的研究技术,可以对小分子物质进行全面的定性及定量分析,并寻找代谢物与环境因子变化的相对关系。
这里我们采用基于秩的检验方法,其中基因集富集分析(GSEA)是在转录组数据背景下进行代谢路径分析的一个常见例子,它也可以应用于代谢组数据。
4、与转录组学和蛋白组学比较,代谢组学有何优点?
相对于传统芯片而言,转录组测序无需预先设计探针,即可对任意物种的任意细胞类型的转录组进行检测,能够提供更精确的数字化信号,更高的检测通量以及更广泛的检测范围,是目前深入研究转录组复杂性的强大工具。
组学omics,研究的是整体. 按照分析目标不同主要分为基因组学,转录组学,蛋白质组学,代谢组学。基因组学研究的主要是基因组DNA,使用方法目前以二代测序为主,将基因组拆成小片段后再用生物信息学算法进行迭代组装。
转录组学:通过RNA测序技术,可以获得不同组织或细胞类型的基因表达谱,从而筛选出与特定生理或病理状态相关的基因。
更好的“组学”?代谢组学是继基因组学、蛋白质组学、转录组学后出现的新兴“组学”,自1999年以来,每年发表的代谢组学研究的文章数量都在不断增加。
代谢组学是基因组学、转录组学和 蛋白质组学 的下游补充,提供生物系统生理状态的总体评估。它代表了遗传调节的终点及其对细胞中酶活性和内源性生化反应变化的影响。
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