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1. 如何利用KEGG找模式菌的所有氨基酸代谢途径

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代谢通路是kegg数据库里的pathway数据库。可以通过全基因组预测了编码基因后，进行pathway数据库注释，从注释结果的功能信息中通过关键字查找。一般都能找到。

首先打开KEGG数据库，你会进入下面这个界面，点击KEGGPATHWAY。红框标识的是PATHWAY的一级分类，蓝框框住的是二级分类。比如第一个Metabolismpathway的二级pathway已经列出来了。

每个参考代谢途径是一个由酶或EC号组成的网络。利用如下方法可通过计算机构建出生物体特有的代谢通路：先根据基因的序列相似性和位置相关性确定基因组中酶的基因。然后合理地安排EC号。

S.yanoikuyaeB1菌株可以降解单环芳烃、联苯、取代芳香化合物及PAHs，是鞘氨醇单胞菌属的模式菌株.B1菌株代谢单环芳烃，如二甲苯与甲苯是采取TOL一质粒代谢途径；苯甲酸则通过meta一断裂途径代谢生成乙醛和丙酮酸盐，如图1所示。

氨基酸参与代谢的具体途径有以下几条：主要在肝脏中进行：包括如下几种过程： 氧化脱氨基：第一步，脱氢，生成亚胺；第二步，水解。生成的H2O2有毒，在过氧化氢酶催化下，生成H2O和O2，解除对细胞的毒害。

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