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1. 用PLS和OPLS分析代谢组数据

1、用PLS和OPLS分析代谢组数据

PLS-DA作为一种有监督的分析方法，在分析时必须对样品进行指定并分组，这样分组后模型将自动加上一个隐含的数据集Y，这种模型计算的方法强行把各组分门别类，有利于发现不同组间的异同点。

这里我们采用基于秩的检验方法，其中基因集富集分析（GSEA）是在转录组数据背景下进行代谢路径分析的一个常见例子，它也可以应用于代谢组数据。

数据组织：数据应该组织为样本（行）和变量（列），例如，在代谢组学研究中，每一行代表一个样本，每一列代表一个代谢物。 数据导入 在SIMCA-P中，选择“新建项目”并导入数据。

代谢物提取，一般要求每组至少10个样； 在所有提取好的样本中取等量混合作为QC； QC样本与实验样本穿插上机，开始十个QC，结尾三个QC，中间每十个样本穿插一个QC样本 。

-真阴性率=假阳性率，所以 ROC曲线横轴是假阳性率，纵轴是真阳性率 ，曲线下的面积为AUC值，通常介于0.5-1之间，面积越大预测效果越好。上图是单变量的ROC分析，针对单个代谢组分子或单组学数据。

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