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植物代谢组学p值计算-植物代谢研究

植物代谢组学p值计算-植物代谢研究

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  1. Robust火山图:一种含离群值的代谢组数据差异分析方法

1、Robust火山图:一种含离群值的代谢组数据差异分析方法

使用 p.valcalc 函数进行差异分析,使用robust vesion的t-test获取p值,公式可以查看函数源码,用到了 weightedVar加权方差 。

分析化学离群值,即可疑值的判断,常用以下两种方法:Q-检验法:需要计算平均值、统计量Q值、查Q值表,再比对判断;格鲁布斯法:需要计算平均值、标准偏差、统计量T值、查t值表,在再比对判断。

如下图,火山图体现出一组数据(Test/Con)之间的差异幅度和统计学意义分布。X轴代表log2(FC);Y轴代表-log10(q value),灰色代表无差异基因,红色代表上调基因,绿色代表下调基因。

一般有如下几点: 数据预处理。如缺失值过滤填充、数据归一化等。 数据质控。包括CV分布、QC等。 统计分析。包括单变量、多变量等。 功能分析。包括Pathway、网络分析、Biomarker筛选等。

描述性统计分析:这是最基本的数据分析方法,包括计算平均值、中位数、众数、标准差等统计量,以了解数据的基本情况。假设检验:这是一种统计假设检验方法,用于确定观察到的数据差异是否显著。

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