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1. 【代谢组学】1.代谢组学简介
2. 代谢途径简介
3. 【代谢组学】4.生物标志物分析
4. 深度空间代谢组学QA(三)| 常规分析内容及数据清洗策略

1、【代谢组学】1.代谢组学简介

代谢组 ：一个细胞、组织、器官中所有代谢物的集合。代谢组学 ：利用高通量的技术来鉴定和定量一个细胞、组织或器官中所有小分子或代谢物的生命科学研究。

概述代谢组学是效仿基因组学和蛋白质组学的研究思想，对生物体内所有代谢物进行定量分析，并寻找代谢物与生理病理变化的相对关系的研究方式，是系统生物学的组成部分。

代谢组学着重研究的是生物整体、器官或组织的内源性代谢物质的代谢途径及其所受内在或者外在因素的影响及随时间变化的规律。

代谢组学隶属于组学范畴之内，目前关注度颇高，它是了解小分子代谢物质（相对分子质量小于1000）数量、种类、丰度的研究技术，可以对小分子物质进行全面的定性及定量分析，并寻找代谢物与环境因子变化的相对关系。

代谢组学是继基因组学和蛋白质组学之后新近发展起来的一门学科，是系统生物学的重要组成部分。

2、代谢途径简介

习惯上把这种连续的化学反应叫作代谢途径。如酵解途径，三羧酸循环途径，戊糖磷酸途径，糖原合成途径，糖异生途径，脂肪酸合成途径等。在生物体内把从A到X的酶反应常规程序（A→B→C→……X），称为A至X的代谢途径。

考虑机体生理学需要的有效途径；补充糖酵解的一些正中间物质是长链脂肪酸、碳水化合物等的生成前体，并与别的新陈代谢方式相联络。

EMP途径：以1分子葡萄糖为底物反应产生2分子 丙酮酸 ，2分子NADH 氢离子 和2分子ATP。EMP途径是绝多数生物所共有的一条主流 代谢途径 。

机体内糖的代谢途径主要有葡萄糖的无氧酵解、有氧氧化、磷酸戊糖途径。葡萄糖的无氧酵解 糖酵解可以把释放的自由能转移到ATP中。糖酵解也是果糖、甘露糖、半乳糖等己糖的共同降解途径。

肝脏代谢 肝脏是药物的主要清除器官，肝脏清除分成肝脏代谢和胆汁排泄两种方式。肝脏富含药物Ⅰ相代谢和Ⅱ相代谢所需的各种酶，其中以P450酶最为重要。

3、【代谢组学】4.生物标志物分析

可以看出，图中最佳的生物标志物组是基于PLS-DA分析VIP值排序的前2个代谢物组成的生物标志物组。验证上述筛选出的生物标志物组，或选择特定的生物标志物组，计算区分效果（AUC）值。

代谢组学的研究方法：代谢组学研究一般包括代谢组数据的采集、数据预处理、多变量数据分析、标记物识别和途径分析等步骤。生物样品（如尿液、血液、组织、细胞和培养液等）采集后进行生物反应灭活、预处理。

基本原理 生物标志物是指发现于地质体中的化学性质稳定、碳骨架结构具有明显生物起源特征的有机化合物。如甾类和萜类化合物烷。

代谢组学 ：利用高通量的技术来鉴定和定量一个细胞、组织或器官中所有小分子或代谢物的生命科学研究。代谢组学应用：PS：TIC是在GC-MS或LC-MS等方法中使用的一种色谱图。

蛋白质组学：通过质谱、免疫印迹等技术鉴定疾病状态下不同样本（如血清、组织等）中蛋白质表达差异，找出与疾病相关的蛋白质标志物。

4、深度空间代谢组学QA(三)| 常规分析内容及数据清洗策略

空间聚类分析（Segmentation）空间聚类分析的本质是一张空间聚类分析的热图，通过聚类算法后，对有相似代谢模式的区域使用同一种颜色标注，清晰直观的从分子层面对切片进行区域分型。

代谢组学（metabonomics/metabolomics）是效仿基因组学和蛋白质组学的研究思想，对生物体内所有代谢物进行定量分析，并寻找代谢物与生理病理变化的相对关系的研究方式，是系统生物学的组成部分。

公司介绍：苏州帕诺米克（BioNovoGene）最早是做基因检测服务的，2017左右聚焦做代谢组学，改名为诺米代谢（PanoMIX），公司2021年获得元生创投亿级融资。

基因编辑：基因编辑技术，特别是CRISPR-Cas9技术，已成为生命科学领域的一个重要工具。它可以准确地更改基因序列，对于治疗遗传性疾病、创新农业生产和研究动植物等领域都具有巨大的潜力。

深度学习在处理高维基质转录组学数据方面也取得了一些成功。

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