代谢组学pc1得分,代谢组学vip值和p值哪个重要
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1、7.多关联双亲染色体片段代换系(CSSL)群体的代谢组分析
本文以三个具有共同轮回遗传背景的染色体片段代换系群体的剑叶为材料,对水稻的代谢多样性进行了分析。通过将ACC10(A/Z)、Minghui 63(M/Z)和Nipponbare(N/Z)基因组片段引进珍汕97构建的多个相互关联的双亲群体,对代谢数量性状位点(mQTL)进行了有效定位。
这里有一包含 65 个染色体片段置换系( chromosome segment substitution line , CSSL) 的群体 ,产生这一群体的 2 个亲本分别为粳稻 Asominori(背景或轮回亲本) 和籼稻 IR24 (供体或非轮回亲本)。每个CSSL 包含一个或几个来自 IR24的染色体片段,其余染色体来自背景亲本Asominori。
为了剖析荔枝果实成熟的调控网络,文章使用72个种质进行了全基因组关联分析(GWAS),发现一个开花相关基因(LITCHI019307)在荔枝中具差异表达。接着文章对不同品种基因结构进行分析,发现HY基因组中鉴定到的7 kb缺失片段可能有助于解释荔枝种质之间COL307差异表达和开花时间差异。
最终组装后的基因组大小为994Mb,ContigN50为184 Kb,ScaffoldN50达48 Mb,其中有397条Scaffold组装并锚定到 20条染色体 水平,组装基因组中确定了4991个SNP和874个SSR,并预测出 46430 个蛋白编码基因,重复序列占到整个基因组的59%。
国内有报道用人类原癌基因Ha-ras-1为探针,对精神病患者基因组进行限止性片段长度多态性的分析,结果提示11号染色体上可能存在着精神分裂症与双相情感性精神病有关的DNA序列。性格特征:约40%患者的病前性格具有孤僻、冷淡、敏感、多疑、富于幻想等特征,即内向性性格。
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