代谢组学国自然(代谢组研究)
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1、做代谢组学检测的血液样本怎么采集与前处理
基于超高效液相色谱-质谱联用技术的非靶向代谢组学分析流程一般包括: 样品的收集和预处理、代谢物提取、LC-MS全扫描检测、数据预处理、统计分析及差异物结构鉴定。 其中第一步,样品的收集和重复设置尤为重要,直接关系到实验结果以及数据分析。
代谢物提取,一般要求每组至少10个样; 在所有提取好的样本中取等量混合作为QC; QC样本与实验样本穿插上机,开始十个QC,结尾三个QC,中间每十个样本穿插一个QC样本 。得到质谱谱图数据经软件处理后得到峰表。
代谢组学的研究方法:代谢组学研究一般包括代谢组数据的采集、数据预处理、多变量数据分析、标记物识别和途径分析等步骤。生物样品(如尿液、血液、组织、细胞和培养液等)采集后进行生物反应灭活、预处理。
根据样本或分组内缺失值的比例,进行数据过滤是代谢组学分析中常用的方法。缺失值填充 对于未被过滤的缺失值,如果直接忽视,这样的数据矩阵可能会影响后续算法的计算,将会触发异常。
数据导入:将处理后的代谢物数据导入统计软件或专用的生物信息学工具。PCA运算:应用PCA算法,该算法通过提取数据的主要变异来源来降低数据维度,同时保留大部分数据信息。结果解释:分析PCA得到的主成分,每个主成分代表数据集中的一个变异方向。这有助于识别样品间的差异和代谢物间的相关性。
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