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代谢组学raw原始文件读取(代谢组学数据库有哪些)

代谢组学raw原始文件读取(代谢组学数据库有哪些)

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  1. 代谢组学原始数据格式转换-proteowizard

1、代谢组学原始数据格式转换-proteowizard

proteowizard支持被转换的格式如下:proteowizard有Windows、mac和linux版本。但是对于直接安装的linux版本,没有格式转换的功能。需要转换供应商的(vendor)格式的话,可以使用其安装了window版本(通过wine来执行)的docker镜像。镜像拉取 这个镜像除了进行格式转换的msconvert之外,还有skyline软件。

好在 ProteoWizard 为我们提供了格式转换的工具MSConvert,它可以转换为以下数据格式:MSConvert的Linux版本并不友好,需要wine/docker来运行Proteowizard,但一般linux默认都是x64架构,而x64一直诟病于对Framework的支持。

erah包的输入格式必须是cdf或者mzXML,cdf都是仪器导出,mzXML可以通过转换工具得到。本次实验数据.D格式通过转换工具proteowizard的MSConvert转为mzXML格式,首次采用的默认参数。

代谢组学发论文需要原始数据。根据查询相关公开信息显示,代谢组学发论文需要对所写的论文的原始数据进行上传,需要附带在论文中。

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