代谢组学遇到的问题(代谢组学的应用范围)
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1、代谢组学中有些数据是相反的怎么办
数据归一化 数据归一化是将数据映射到特定范围之内再进行处理,有利于便捷快速的运算。数据归一化是数据预处理重要一步,可消除样本处理、浓度差异、仪器偏差等统误差。代谢组学常用数据归一化方法:中位数、平均数、总和、指定样本和内参。
如果你的存储系统有权限管理,需要在格式转换之前,将需要转换的目录权限修改为777,否则proteowizard无法访问和写入数据。
代谢物提取,一般要求每组至少10个样;在所有提取好的样本中取等量混合作为QC;QC样本与实验样本穿插上机,开始十个QC,结尾三个QC,中间每十个样本穿插一个QC样本。这里我们采用基于秩的检验方法,其中基因集富集分析(GSEA)是在转录组数据背景下进行代谢路径分析的一个常见例子,它也可以应用于代谢组数据。
空间共定位分析是一种代谢物的空间相关性分析,选择一种目标代谢物后,进行空间相关性计算,输出与目标代谢物空间表达趋势一致的代谢物List,可以帮助开展对该区域中代谢物表达模式和代谢网络的分析工作。
那么在学习数据分析之前,我还是想和大家一起回顾一下什么叫 代谢组学(Metabolomics) 和 代谢组(Metabolome) 。在中心法则的指导下,基因组、转录组、蛋白组通常以 信息流 的方式呈现,而代谢组被认为是新陈代谢的结果。
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