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代谢组学数据如何处理龙虾-代谢组学数据处理方法

代谢组学数据如何处理龙虾-代谢组学数据处理方法

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  1. 【代谢组学】3.数据分析
  2. 代谢组学的研究方法
  3. 虾代谢组学前处理方法
  4. 代谢组学 表达量数据预处理 简介

1、【代谢组学】3.数据分析

代谢物提取,一般要求每组至少10个样; 在所有提取好的样本中取等量混合作为QC; QC样本与实验样本穿插上机,开始十个QC,结尾三个QC,中间每十个样本穿插一个QC样本 。

这里我们采用基于秩的检验方法,其中基因集富集分析(GSEA)是在转录组数据背景下进行代谢路径分析的一个常见例子,它也可以应用于代谢组数据。

在中心法则的指导下,基因组、转录组、蛋白组通常以 信息流 的方式呈现,而代谢组被认为是新陈代谢的结果。

本部分分析内容与常规代谢组学一致,主要针对代谢物含量开展单维与多维统计学分析、KEGG通路分析、表达量相关性分析、聚类热图、代谢物分类等分析。

2、代谢组学的研究方法

代谢组学的研究方法:代谢组学研究一般包括代谢组数据的采集、数据预处理、多变量数据分析、标记物识别和途径分析等步骤。生物样品(如尿液、血液、组织、细胞和培养液等)采集后进行生物反应灭活、预处理。

一种方法称作代谢物指纹分析 (metabolomic fingerprinting),采用液相色谱-质谱联用(LC-MS)的方法,比较不同血样中各自的代谢产物以确定其中所有的代谢产物。

先进分析检测技术结合模式识别和专家系统等计算分析方法是代谢组学研究的基本方法。其样品主要是动植物的细胞和组织的提取液。

研究中药这种复杂混合物的毒性,代谢组学是最好的方法,选择不同产地、不同数量、不同组分的中药,做出代谢组图,根据组成变化与毒性、药效相对应,就可把有效的成分最大化,把有毒的东西剔除。

3、虾代谢组学前处理方法

烹饪前一般不需要去除。但在做一些特殊造型的菜时,比如天妇罗或者开边蒸等,需要将其挑断或者划断保持虾笔直的造型。将虾按在钻板上,用锋利的刀将虾背切开。翻过来准备对付虾枪(那根长刺)了。

第一步:剪虾头,以45度角,从虾脑部向下剪除。第二步:用剪刀挑出虾脑。紧邻虾脑前部的是虾黄,这是好东西,如果有虾黄,挑的时候要小心,尽量保留虾黄。第三步:轻轻地拽出虾脑,会有一部分虾肠被拽出。

大家跟着教程一步步做即可,这样就能吃到干净又Q弹的虾子了。详细内容 01 首先就是剪掉虾的脚丫子和胡须。02 然后去掉虾枪 03 紧接着挑出虾的胃。04 将虾线挑出,整个步骤就完成了。

冷冻保存鲜虾的关键,就是必须将虾与空气隔绝,而隔绝空气最好的方法就是往容器中灌水。虾可先氽水或氽油后保存。即在入冰箱储存前,先用开水或油氽一下,可使虾的红色固定,鲜味持久,保存时间更长。

4、代谢组学 表达量数据预处理 简介

数据归一化是将数据映射到特定范围之内再进行处理,有利于便捷快速的运算。数据归一化是数据预处理重要一步,可消除样本处理、浓度差异、仪器偏差等统误差。代谢组学常用数据归一化方法:中位数、平均数、总和、指定样本和内参。

本部分分析内容与常规代谢组学一致,主要针对代谢物含量开展单维与多维统计学分析、KEGG通路分析、表达量相关性分析、聚类热图、代谢物分类等分析。

一般有如下几点: 数据预处理。如缺失值过滤填充、数据归一化等。 数据质控。包括CV分布、QC等。 统计分析。包括单变量、多变量等。 功能分析。包括Pathway、网络分析、Biomarker筛选等。

代谢组学的研究方法:代谢组学研究一般包括代谢组数据的采集、数据预处理、多变量数据分析、标记物识别和途径分析等步骤。生物样品(如尿液、血液、组织、细胞和培养液等)采集后进行生物反应灭活、预处理。

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