动物模型单细胞测序(单细胞测序实验方案)
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1、单细胞测序用小鼠还是大鼠
作者使用10x Genomics平台对免疫治疗后小鼠的肿瘤中分离出的免疫细胞进行了单细胞转录组测序,并与人髓系细胞群进行了相似性分析,确定了多个跨物种相对应的髓系种群,包括两种cDC群和两种TAM群(图22)。
Microwell-seq 是由华人科学家独立开发的一种单细胞测序技术,有高通量、低成本和测序质量高的特点。Microwell给我的感觉与Iontorrent的sequencing chips很相像。
该研究采用了单细胞转录组测序技术(scRNA-seq),对31964个具有AAT(抗血管生成)抗性小鼠的肺肿瘤血管内皮细胞(TECs)和周细胞进行了检测。结果显示实验组与健康对照组的TECs和周细胞的表达谱都非常相似。
上一步的质检仅是通过简单的方式初步判定抽核的效果,最终数据结果的好坏及可用性需要拿到初步的数据质控报告。下图展示的是小鼠脑组织的测序结果(cellranger count),各项指标非常不错。
免疫细胞,尤其是中性粒细胞在雌雄大鼠中增加显著。
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