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1. 关于TMT/iTRAQ和DIA技术的选择?

1、关于TMT/iTRAQ和DIA技术的选择?

我们知道，TMT/iTRAQ子离子标记定量和DIA非标定量是目前蛋白质组最常用的两项技术。一般而言，小样本量，如10样本以上的项目推荐采用TMT/iTRAQ；大样本量的项目推荐采用DIA。为什么呢？DIA技术因为全采模式被吹上了天，其实应用并没有传说中那么广，只能说是趋势。DIA绝非万能，技术的选择要视情况而定。

DIA无需指定目标肽段，扫描点数均匀，利用谱图库即可实现定性确证和定量离子筛选，并可实现数据回溯。

其中，相对定量技术又可分为标记技术（TMT和iTRAQ）和非标记技术（label-free、DIA）。标记相对定量技术中TMT标签可增加样品通量到16个。然而， TMT方法需要多级的肽分级来获得深入的蛋白质组图谱，并且1-2个TMT通道常用于检测所有样品的混样来减少批间差，这降低了各个项目之间进行有效比较的能力，并增加检测成本。

如果做iTRAQ（或TMT）标记，最好用TEAB，而不是碳酸氢铵体系。因为iTRAQ（或TMT）试剂是标记末端氨基，碳酸氢铵上的氨基也会被标记上，影响蛋白的标记效率。 酶的用量可以参考以下的公式： W（酶）：W（底物）=1：20 – 1：50 此外，需要注意的是胰酶酶解的兼容性问题。胰酶只能耐受最多1M的尿素，且不能与SDS同时使用。

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