蛋白质组学聚类分析-蛋白组学分析流程
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1、uniport数据库包括哪四个字库?
将PIR、SWISS-PROT和TrEMBL3个蛋白质数据库统一-起来组建而成,包含3个部分: (1) UniProt Knowledgebase (UniProtKB) ,这是蛋白质序列、功能、分类、交叉引用等蛋白质知识库,记录经过人工筛选和注释; ■ (2) UniRef ( UniProt Non-redundant Reference ) 数据库,将密切相关的蛋白质序列组合到一条记录中,以便提高搜索速度;目前,根据序列相似程度形成3个子库,即UniRef100、UniRef90和UniRef50; ■ (3) UniParc (UniProt Archive),是UniProt存档库 , 收录所有蛋白质序列。用户可以通过文本查询数据库,可以利用BLAST程序搜索数据库,也可以直接通过FTP下载数据。
Uniport数据库包括UniProtKB/Swiss-Prot、UniProtKB/TrEMBL、UniRef和UniParc四个字库。其中,UniProtKB/Swiss-Prot收录高质量、全面、经过审核的蛋白质序列及其相关注释信息,为生物信息学研究和科学研究提供可靠的数据库资源;UniProtKB/TrEMBL则收录大量未经过审核的蛋白质序列及其相关注释,提供更加全面的蛋白质序列信息;UniRef通过聚类蛋白质序列,为各类资源整合提供更加便捷的方式;UniParc则收录未处理的蛋白质序列,为蛋白质序列的比对以及注释提供重要的支持。
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