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1. 国际著名的三大蛋白质数据库
2. DIA技术及其软件工具介绍
3. 蛋白质组学研究不同组织蛋白质的差异 常用那些技术或软件?

1、国际著名的三大蛋白质数据库

国际著名的三大蛋白质数据库有UniProt数据库、The Human Protein Atlas数据库、PhosphoSitePlus数据库。

PIR国际蛋白质序列数据库（PSD）是由蛋白质信息资源（PIR）、慕尼黑蛋白质序列信息中心（MIPS）和日本国际蛋白质序列数据库（JIPID）共同维护的国际上最大的公共蛋白质序列数据库，可在这里下载。

DDBJ（DNA Data Bank of Japan）：DDBJ是日本的国家生物信息学中心，成立于1986年。DDBJ的主要职责是收集、存储、分析和发布日本的生物数据，包括DNA序列、蛋白质序列、基因组数据等。

二级核酸数据库：是通过对一级数据中数据的分析整理归纳注释构建的具有特殊生物学意义和专门用途的数据库。蛋白质数据库一级蛋白质数据库：存储的是通过各种科学手段得到的最直接的基础数据。

DDBJ：DNA Data Base of Japan 是日本人建立的核酸数据库；NCBI中的Genbank是美国建立的核酸数据库；EMBL是欧洲建里的核酸数据库；这三个数据库是连通的，数据共享。

2、DIA技术及其软件工具介绍

第一篇是蛋白质组学泰山北斗的Ruedi Aebersold和Matthlas Mann合作发的，该文不止介绍DIA，是对整个目前蛋白质组的bottom-up得研究策略做的一个总结和展望。

Dia扫描是指使用Dia软件进行扫描和绘图，Dia软件是一款免费的开源软件，主要用于创建流程图、网络图、草图等图示化工具。它可以帮助用户快速地绘制各种类型的图形，包括UML类图、流程图、组织结构图等。

Dia是开放源码的流程图软件，是GNU计划的一部分，程式创立者 是Alexander Larsson。Dia使用single document interface （CSDI）模式，类似于GIMP。Dia将多种需求以模组化来设计，如流程图、网络图、电路图等。

在机械工程中，工程师需要使用Dia来指定机器零件的尺寸和度量工具的精度等。在电子工程中，Dia被用于指定电路板和电子元件的尺寸和间距等。Dia作为一种尺寸单位，其控制和检验也非常重要。

3、蛋白质组学研究不同组织蛋白质的差异 常用那些技术或软件?

主要有两方面，一是结构蛋白质组学，二是功能蛋白质组学。其研究前沿大致分为三个方面：① 针对有关基因组或转录组数据库的生物体或组织细胞，建立其蛋白质组或亚蛋白质组及其蛋白质组连锁群，即组成性蛋白质组学。

质谱技术MS：是目前分析蛋白质的主要手段之一。质谱技术可以检测蛋白质的质量、序列、修饰和定量等信息，包括基于母离子扫描MS和tandem MS（MS/MS）等多种方法。

酵母双杂交系统、抗体芯片、LCM技术、mic Solution Inc、SPR技术、色谱分离技术、双相电泳技术、有机质谱等等。LCM技术获得的细胞可以用于蛋白质样品的制备。蛋白质样品中的不同类型的蛋白质可以通过二维电泳进行分离。

蛋白质组学研究的基础技术主要包括以下两个方面：二维电泳 （2-DE）：二维电泳是一个用于分离蛋白质的技术，其中第一维度是按照蛋白质的等电点分离，而第二维度是按照蛋白质的分子量分离。

在应用2D-PAGE研究差异蛋白质组学问题时首先要获得要进行差异比较的组织，如肿瘤组织与癌旁正常组织，然后裂解组织和细胞，抑制蛋白酶活性，出去非蛋白质的DNA，RNA，脂类等物质，溶解蛋白质，溶解并抽提总蛋白质。

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