蛋白质组学没有原始数据怎么办,蛋白质组学问题
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1、蛋白质组学数据分析基础(一)
这样,我们最终可以得到一个准确可靠的蛋白质组学鉴定或定量结果用于后续的分析了。
这样,我们最终可以得到一个准确可靠的蛋白质组学鉴定或定量结果用于后续的分析了。
最后这些蛋白质就可以在质谱系统中进行分析,从而得到蛋白质的定性数据;这些数据可以用于构建数据库或和已有的数据库进行比较分析。
每次采集window内所有母离子信息及其碎片(扫描速度足够快),因此具有高覆盖度、高重复性的特点。
在进行这些分析的过程中,保持统计和数据分析的严谨性是关键。实验设计的合理性、样本大小、实验重复、多重比较校正、实验验证等方面都应该得到充分的考虑和处理。
2、蛋白质纯化仪AKTApurifier 怎么把原始数据导出来
prime是单隔膜泵,在耐压、流速精度等都比purifier的双柱塞泵有较大差别,另外prime的梯度是靠比例阀实现的,梯度精度相对较差。prime的工作站只能监控数据和分析,不能实现自动控制,自动化程度太低,效率低。
另外你如果短期不用,你就把仪器主体通电就行(光源开),保存在20%的乙醇里,不给流速就好,没必要一直用纯水走动。
3、蛋白质组学中对缺失值的处理
DDA label-free一般较多,10%-50% 的缺失值。过滤标准不定,如一个蛋白中三个重复,2个有值,建议保留,1个有值,严格一点考虑过滤掉。不建议用均值、中位值或最小值来进行填充。
全局校正(global adjustment)标准化是蛋白质组学中常用的方法之一,它将log化的intensity数据的中心转换成一个常数,这个常数可以是mean、median或者其它数学测量指标。
均值插补。数据的属性分为定距型和非定距型。
数据清理中,处理缺失值的方法是估算、整例删除、变量删除、成对删除等等。估算 最简单的办法就是用某个变量的样本均值、中位数或众数代替无效值和缺失值。这种办法简单,但没有充分考虑数据中已有的信息,误差可能较大。
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