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1. 如何分析某个蛋白质序列属于哪个通路
2. 如何找到新的细胞通路
3. 蛋白质组学蛋白信号通路分析怎么做

1、如何分析某个蛋白质序列属于哪个通路

蛋白质序列测定技术先于DNA序列测定技术问世，蛋白质序列的搜集也早于DNA序列。蛋白质序列数据库的雏形可以追溯到60年代。

其次找到要查询的基因，点击该基因的名称或ID，进入该基因的详细信息页面。最后在该基因的详细信息页面中，找到“GeneOntology”部分，其中包含了该基因所属的go通路信息。其中包括该通路的名称、ID、描述、相关基因信息。

MS质谱分析：质谱是一种广泛应用于蛋白质鉴定的技术。通过将样品中的蛋白质分子离子化，并根据其质荷比进行分析，可以确定蛋白质分子的质量和结构。

蛋白质组学：通过研究蛋白质的表达、相互作用和修饰，可以识别出新的蛋白质通路和信号转导过程。代谢组学：研究细胞的代谢物和代谢过程，可以发现新的代谢通路。

b．PIP2信号通路：胞外signal＋膜受体→PIP2IP3＋DAG，IP3→内源钙→细胞溶质，胞内Ca2＋浓度升高→启动Ca2＋信号系统，DAGCM上活化蛋白激酶PKC→DG／PKC信号传递passwa。

2、如何找到新的细胞通路

在你将配体作用于细胞后，如果你对这个通路一无所知的话，你可以首先做一个蛋白质组的研究，检测一下阳性组和对照组之间蛋白表达的差异，蛋白磷酸化的差异等等，找出差异之后，在单个验证，利用敲出等技术。

rnaseq这么找通路：KEGG：KyotoEncyclopediaofGenesandGenomes（KEGG）是一种面向整个基因组的路径数据库，包括有关代谢和细胞过程的通路。

首先打开KEGG数据库，你会进入下面这个界面，点击KEGGPATHWAY。红框标识的是PATHWAY的一级分类，蓝框框住的是二级分类。比如第一个Metabolismpathway的二级pathway已经列出来了。

b.PIP2信号通路：胞外signal 膜受体→PIP2IP3 DAG，IP3→内源钙→细胞溶质，胞内Ca2 浓度升高→启动Ca2 信号系统，DAGCM上活化蛋白激酶PKC→DG/PKC信号传递passwa。

3、蛋白质组学蛋白信号通路分析怎么做

质谱法：通过测量蛋白质的质量来研究其特性，包括串联质谱技术（MS/MS）用于确定蛋白质的氨基酸序列和翻译后修饰等信息。蛋白质互作网络分析：研究蛋白质间的相互作用，揭示蛋白质在细胞内不同通路中的相互作用和功能。

使用工具如KEGG、Reactome等，研究差异蛋白在生物通路中的角色。（2）识别受影响的生物通路或与特定疾病、功能相关的通路。互作网络分析：（1）利用如STRING、BioGRID等数据库，构建蛋白质之间的相互作用网络。

所以如果没有重点关注的信号通路，通常建议可以使用信号通路磷酸化广谱筛选抗体芯片（PEX100）。检测的信号蛋白广泛参与31条重要信号通路信号传导过程。

在KEGG或BioCarta这些pathway数据库里找到你感兴趣的通路，在pathway图上找到你感兴趣的蛋白后就能确认它的下游。

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