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1. 蛋白质组学目前有哪些数据库
2. 蛋白质三维结构数据库的介绍
3. 蛋白质序列数据库包含哪些内容
4. PDB数据库网址是什么?
5. 蛋白质三维结构数据库的功能

1、蛋白质组学目前有哪些数据库

蛋白质结构数据库 包含来自X线晶体学和三维结构的实验数据。其数据从PDB（Protein Data Bank）获得。

PIR国际蛋白质序列数据库（PSD）是由蛋白质信息资源（PIR）、慕尼黑蛋白质序列信息中心（MIPS）和日本国际蛋白质序列数据库（JIPID）共同维护的国际上最大的公共蛋白质序列数据库，可在这里下载。

蛋白质数据库（Protein Data Bank， PDB）是一个生物大分子，如蛋白质和核酸，的数据库。

即UniRef100、UniRef90和UniRef50；■ （3） UniParc （UniProt Archive），是UniProt存档库 ，收录所有蛋白质序列。用户可以通过文本查询数据库，可以利用BLAST程序搜索数据库，也可以直接通过FTP下载数据。

2、蛋白质三维结构数据库的介绍

蛋白质三级结构数据库是《生物信息学》里面的内容。

PDB是目前最主要的收集生物大分子（蛋白质、核酸和糖）5维（以二维的形式表示三维的数据）结构的数据库，是通过X射线单晶衍射、核磁共振、电子衍射等实验手段确定的蛋白质、多糖、核酸、病毒等生物大分子的三维结构数据库。

主要是蛋白质的三维结构，还包括核酸、糖类、蛋白质与核酸复合物的三维结构。信息原子的空间坐标、引用文献、形成α-helix和β-sheet的氨基酸序列、双硫键连结模式、与蛋白质结合的ligand、参与生化功能的residue等。

蛋白质数据库（HPDB），建于2005年5月， 动态展示生物大分子立体结构，鼠标点击放大分子结构、原子定位、测定原子之间距离，可用于教学或科研。

这两个数据库中的序列错误率较大，均有较大的冗余度。另一个常用的蛋白质序列数据库是已知三维结构蛋白质的一级结构序列数据库NRL-3D[Namboodiri， 1990]。该数据库的序列是从三维结构数据库PDB中提取出来。

3、蛋白质序列数据库包含哪些内容

PIR1中的序列已经验证，注释最为详尽；PIR2中包含尚未确定的冗余序列；PIR3中的序列尚未加以检验，也未加注释； 而PIR4中则包括了其它各种渠道获得的序列，既未验证，也无注释。

除了序列信息外，NRL-3D包括二级结构、活性位点、结合位点、修饰位点等与蛋白质结构直接有关的注释信息，对研究蛋白质结构功能关系和同源蛋白分子模型构建特别有用。

蛋白质数据库（HPDB）对每个蛋白质分子结构说明部分做了中文翻译（最新加入数据库的分子除外），内容包括分子结构定性描述、样品的来源、表达载体、宿主、化学分析方法、分子结构组成成分等。

蛋白质数据库（Protein Data Bank， PDB）是一个生物大分子，如蛋白质和核酸，的数据库。

完整的GenBank数据库包括序列文件，索引文件以及其它有关文件。索引文件是根据数据库中作者、参考文献等建立的，用于数据库查询。GenPept是由GenBank中的核酸序列翻译而得到的蛋白质序列数据库，其数据格式为FastA。

4、PDB数据库网址是什么?

员可通过访问其网址www.uniprot.org，免费获取信息。（新浪网 2002年11月01日）蛋白质数据库（Protein Data Bank， PDB）是一个生物大分子，如蛋白质和核酸，的数据库。

RCSB的PDB数据库网址是：http：//www.rcsb.org/pdb/。 SCOP 蛋白质结构分类（SCOP）数据库详细描述了已知的蛋白质结构之间的关系。

PDB是Palm DataBase的缩写，Palm OS所用文件的扩展名为.pdb。可以使用PalmReader打开。 如果想把PDB文件转换成TXT文件查看，可以使用WavePDB转。

在右边可以看到“符号文件（.pdb）的位置”的字样，给“MicroSoft符号服务器”打勾，如下图所示，点击确定保存退出。在主界面可以看到正在从microsoft服务器下载.pdb符号文件，vs也正在加载这些符号文件。

5、蛋白质三维结构数据库的功能

和核酸序列数据库一样，可以通过网络直接向PDB数据库提交数据。

蛋白质数据库（HPDB），建于2005年5月， 动态展示生物大分子立体结构，鼠标点击放大分子结构、原子定位、测定原子之间距离，可用于教学或科研。

主要是蛋白质的三维结构，还包括核酸、糖类、蛋白质与核酸复合物的三维结构。信息原子的空间坐标、引用文献、形成α-helix和β-sheet的氨基酸序列、双硫键连结模式、与蛋白质结合的ligand、参与生化功能的residue等。

利用蛋白质结构数据库（例如PDB）获取或预测蛋白质的三维结构。通过分子动力学模拟，来理解蛋白质的运动学特性和结构稳定性。进行结构比对，理解蛋白质家族内的结构相似性和差异。

蛋白质的结构和功能如下：蛋白质四级结构。⑴一级结构指形成肽链的氨基酸序列，即氨基酸残基的排列顺序。⑵二级结构多肽链盘绕形成规律性结构。⑶三级结构多肽链三维构象，在二级结构基础上，进一步折叠成复杂分子结构。

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