本篇文章给大家谈谈蛋白质组学火山图，以及蛋白质组学综述对应的知识点，希望对各位有所帮助，不要忘了收藏本站喔。 今天给各位分享蛋白质组学火山图的知识，其中也会对蛋白质组学综述进行解释，如果能碰巧解决你现在面临的问题，别忘了关注本站，现在开始吧！

1. 画火山图
2. 求助,r语言怎么画差异蛋白的火山图
3. TMT定量蛋白组学助力PRV-宿主细胞互作的分子机制研究
4. R绘图|ggplot2火山图的绘制

1、画火山图

火山图（volcano plot） 是散点图的一种，它将统计学中的显著性度量和变化幅度相结合，从而能够帮助我们快速直观地识别那些变化幅度较大且具有统计学意义的对象。

第一步：先画出火山的轮廓。用铅笔在纸上画一个三角形，代表火山的主体。确定火山的大小和位置，并确保三角形的上方较狭窄，下方较宽。第二步：在三角形的顶部画一个小圆形，代表火山口。

如下图，火山图体现出一组数据（Test/Con）之间的差异幅度和统计学意义分布。X轴代表log2（FC）；Y轴代表-log10（q value），灰色代表无差异基因，红色代表上调基因，绿色代表下调基因。

火山爆发的画法：画一条线作为火山顶、绘制岩浆、营造岩浆喷溅出来的样子、涂上颜色。首先在画一条形成火山口的线作为火山的最顶部。绘制一些流出来的熔浆，包裹着火山口。

2、求助,r语言怎么画差异蛋白的火山图

上图中没有将p值信息展示出。因此另一种思路是，颜色代表p值，这样就可以在图中获得一个渐变梯度。同样使用ggplot2的方法绘制，和上述过程相比仅在颜色指定上存在区别。

差异基因数据解读经过合适的差异基因方法筛选出的差异基因，结果一般分为两部分，数据 图形。数据结果展示如下图所示（两分组）众多参数中，重点看三个。p-value或q-value没有做生物学重复请跳过这一步。

用处理组的表达量除以对照组就会得到一个倍数，这个倍数就叫做 Fold Change ， 差异表达一般我们按照Fold Change（倍数变化）=0作为标准。

我们画火山图，只需要其中的log2FC和FDR就可以了。在绘图之前，我们需要对FDR进行转换，将它的值变成-log10，如果有0，会产生Inf，需要去除。这样的话可以拉开差异表达基因之间的间距。在纵坐标上才可以很好的显示出来。

3、TMT定量蛋白组学助力PRV-宿主细胞互作的分子机制研究

迄今为止，应用蛋白质组学来分析PRV-宿主细胞互作机制的研究还很少。因此本文采用TMT标记定量蛋白质组学方法来比较PRV感染后宿主细胞的蛋白表达差异，为进一步揭示PRV发病机制和潜在的抗病毒靶点提供理论依据。

代谢组学（Metabonomics/Metabolomics）是20世纪90年代末期发展起来的一门新兴学科，是研究关于生物体被扰动后（如基因的改变或环境变化后）其代谢产物（内源性代谢物质）种类、数量及其变化规律的科学。

蛋白组学常用数据库UniProt（全称UniProt Protein Resource），建立于1986年，由Swiss-Protein、TrEMBL、PIR-PSD三大蛋白质数据库联合成立的，其信息量丰富、资源广泛，是目前公认的首选免费蛋白质数据库。

该团队运用全蛋白质组关联研究（proteome-wide association study，PWAS），将阿尔茨海默症（AD）队列 GWAS结果与人脑蛋白质组进行了整合，旨在鉴定通过影响脑蛋白丰度而导致AD风险的基因，深入了解这些基因座如何影响AD的发病机制。

由此可见，利用目前对肿瘤细胞和肿瘤微环境相互作用机制的认识，从肿瘤病人样本出发，通过加入多种细胞因子或小分子抑制剂，构建出患者特异性的肿瘤类器官，用于新药筛选和药物敏感性研究是可行的。

4、R绘图|ggplot2火山图的绘制

X轴代表log2（FC）；Y轴代表-log10（q value），灰色代表无差异基因，红色代表上调基因，绿色代表下调基因。X轴的取值可以是FC，也可以是log2处理后的值。

可以看到，这个数据当中log2（fold_change）已经天然存在，Adjust P_Value也已经存在，只不过需要我们进行-log10的转换。

这个图的做法和之前我们写过的ggplot做火山图同根同源（ ggplot做火山图---添加任意基因标签|||突出显示标记基因 ）。我们的复现结果基本和这篇NC是一样的，有以下特点：上下调基因阈值使用曲线。

标准的火山图常用于展示显著差异表达的基因，这里有两个关键词：显著是指P0.05，差异表达一般我们按照Fold Change（倍数变化）=0作为标准。

本课程将从最基本的绘图开始讲解，深入浅出的带大家理解和运用强大而灵活的ggplot2包。内容包括如何利用ggplot2绘制散点图、线图、柱状图、添加注解、修改坐标轴和图例等。

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