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蛋白质组学数据类型,蛋白质组信息学

蛋白质组学数据类型,蛋白质组信息学

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  1. Nature Genetics | 全蛋白质组关联研究(PWAS)发现阿尔茨海默症发病新...
  2. 人体内蛋白质只由20种氨基酸组成,这个结论是怎样证明的?
  3. 多组学高分文献6-可治性前列腺癌的蛋白质组学表型图谱
  4. 单细胞综述之整合分析

1、Nature Genetics | 全蛋白质组关联研究(PWAS)发现阿尔茨海默症发病新...

该团队运用全蛋白质组关联研究(proteome-wide association study,PWAS),将阿尔茨海默症(AD)队列 GWAS结果与人脑蛋白质组进行了整合,旨在鉴定通过影响脑蛋白丰度而导致AD风险的基因,深入了解这些基因座如何影响AD的发病机制。

中科院上海巴斯德研究所戈宝学课题组11月10日在免疫学权威学术期刊《Journal of Immunology》上发表最新论文,该成果揭示了microRNA在固有免疫中的作用以及调控机制,并研究了这种作用在地塞米松抗炎症效应中的地位。

近日,Nature Genetics发表的一篇文章就充分利用了微生物基因组测序与以全基因组重测序为基础的全基因组关联分析结合的方法,揭示了裂殖酵母遗传与表型多样性之间的联系。

nature communications是英国nature集团旗下的子刊,Nature Communications 是一个仅在网上出版的多学科杂志,专门发表生物学、物理学和化学等各领域的高质量研究论文。

2、人体内蛋白质只由20种氨基酸组成,这个结论是怎样证明的?

人体内蛋白质只由20种氨基酸组成,这个结论是怎样证明的?应该不是基于大量实验基础推出来的。不是只有20种氨基酸。这个“20”指的是组成蛋白质的基本氨基酸的种类。

你说的180多种氨基酸应该是指目前发现的天热氨基酸总数,但是这一百多种氨基酸并不都能组成人体蛋白质,目前的研究发现,组成人体蛋白质的氨基酸只有20种,其他的氨基酸可能以其他的形式存在。

因为蛋白质的结构导致的:首先,构成不同蛋白质的氨基酸种类不一定相同,所以蛋白质种类多。其次,即使构成蛋白质的氨基酸种类相同,但是氨基酸的排列顺序不一定一样所以种类繁多。

答案就是20种,天然氨基酸有180多种,但多数是不参与蛋白质组成的,只有这这二十种氨基酸参与蛋白质组成,因此又称为蛋白质氨基酸。虽然蛋白质中还含有其他种类的氨基酸,但多数是在这二十种氨基酸基础上由酶催化而成的。

3、多组学高分文献6-可治性前列腺癌的蛋白质组学表型图谱

结合基因组学和蛋白质组学可以提高生物标志物的性能。

代谢组学和蛋白质组学已使用RF进行整合,用于分析前列腺癌和甲状腺功能。同样,代谢组学与mRNA相结合,用于研究溃疡性结肠炎和癌症存活率。

肿瘤与正常组织之间的蛋白质组差异对于癌症生物标志物的发现至关重要,但尚未在大型结肠癌肿瘤队列中进行系统表征。在这篇《Cell》文章中,报道了110例结肠癌患者的遗传、蛋白质组学和磷酸化蛋白质组学的综合信息。

对95个子宫内膜癌进行了全面的蛋白质组学表征,包括83个子宫内膜样癌和12个浆液性肿瘤。

利用sgRNA文库的CRISPR-Cas9筛选已被用于研究基因功能及其在细胞适应性中的作用。基于crispr - cas9的基因组编辑具有很高的特异性,可以生成空等位基因,从而改变外显表型。

4、单细胞综述之整合分析

文章分为四大块,首先探讨了多模态单细胞分析方法,其次研究了不同实验不同数据整合分析,然后讨论了单细胞空间测序数据整合分析方法,最后给出了整合分析方法的前景与必要性。 最初的单细胞分析方法主要关注细胞某状态下的某类分子水平。

需要注意的是,从这里开始,后面的数据分析请指定assay为integrated,否则你还在用原始的RNA assay进行分析,等于没整合。

整合的目标是确保一个条件/数据集的细胞类型与其他条件/数据集的细胞类型一致(例如,控制巨噬细胞与受刺激巨噬细胞一致)。具体地说,这种整合方法期望在组内的至少单个细胞子集之间有“对应”或 共享的生物状态 。

在object的metadata中定义细胞ID信息,变量名为stim.现在还没有使用Harmony矫正主成分分析结果的数据,数据集之间还是有很大的差异。

因此,大多数现有的比对方法不适合整合其他单细胞测序数据类型,例如使用测序 (scATAC-seq) 进行转座酶可及染色质的单细胞测定。

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