蛋白质组学第二课，蛋白质组学重点

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这次课程的授课老师完全可以用青年才俊四个字来形容：她于2014年博士毕业于德国慕尼黑工业大学（Technische Universitt München）生物分析与蛋白质组学研究所，师从领域的大牛Prof. Bernhard Kuster。

对于蛋白质组学研究来讲，我们对质谱仪器性能的最低要求是：分辨率至少在40，000-50，000，质量准确性应该优于5ppm，质量扫描范围应该在100-3，000，扫描速度是每秒至少获得一张高分辨的一级谱图和十张高分辨的二级谱图。

通过优化整个酶解系统，整个前处理过程2个小时之内就能完成，其中裂解与还原烷基化是同时完成的。

研磨或超声破碎样品，为了减少人为操作引入的修饰，通常会准备大量的冰，进行冰上的操作。同时还需要加入蛋白酶抑制剂，防止在操作过程中蛋白被样品中自带的蛋白酶降解掉。

用一种适当的试剂将目标蛋白质从配体中离解出来。选择性变性沉淀法（1）例如对于α-淀粉酶等热稳定性好的酶，可以通过加热进行热处理，使大多数杂蛋白受热变性沉淀而被除去。

蛋白质组学研究的主要步骤如下：蛋白质样品的制备：蛋白质样品的制备是蛋白质组学研究的首要环节，也是最为重要的部分。蛋白质样品的质量直接影响到科学研究的真实性和可信度。

样品处理的一致性：在整个实验过程中，应该尽量保持样品处理的一致性，以避免引入人为误差。使用相同的方法和条件来处理不同的样品，包括对照组和实验组。样品保存：蛋白质样品在采集后应立即处理或冷藏保存。

第二步：蛋白裂解，因为蛋白被福尔马林或甲醇固定得非常紧了，有的人会选择加入水，让样品泡涨，我们更推荐加入裂解液（0.1M Tris-HCI， pH 0， 0.1M DTT），充分水化被固定的蛋白样品，然后匀浆和超声。第三步：水化之后，加入4%SDS。

总体来说，蛋白质和酶的有机溶剂沉淀法不如盐析法普遍。有机溶剂的选择首先是能和水混溶，使用较多的有机溶剂是乙醇、甲醇、丙酮，还有二甲基甲酰胺、二甲基亚砜、乙腈和2-甲基-2，4戊二醇等。

第一种情况，由于这是同样类型的样品，比如都是小鼠肌肉组织，一个样品的蛋白质抽提充分，而另外一个样品蛋白抽提不充分，就会导致两条带不一样，这种情况下需要重新抽提。

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建立了基于QE，Fusion的DIA数据采集以及数据分析流程，实现了7500个蛋白的DIA定量分析。

大伙儿都知道，蛋白质组学（proteomics），是研究一种细胞或者一种生物体所表达的全部蛋白质。

将蛋白质组数据与其他组学数据（如转录组或代谢组数据）进行整合，从多层面理解差异蛋白的生物学含义。生物标志物筛选如果研究的目标是寻找疾病的生物标志物，进一步分析差异蛋白的诊断、预测和治疗价值。

分子）的关系。因此蛋白质组学的研究通常是高通量的。

实验设计建议（1）方案一 —— 蛋白质组学差异蛋白表达量验证该思路是目前3~5分期刊中最常见的，也是最基础的一种研究思路。

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