蛋白质组学数据库-蛋白质组学建库
大家好,今天小编关注到一个比较有意思的话题,就是关于蛋白质组学数据库的问题,于是小编就整理了3个相关介绍蛋白质组学数据库的解答,让我们一起看看吧。
1、常用的查询蛋白质结构以及序列的数据库主要有哪些?
国际著名的三大蛋白质数据库有UniProt数据库、The Human Protein Atlas数据库、PhosphoSitePlus数据库。
DDBJ(DNA Data Bank of Japan):DDBJ是日本的国家生物信息学中心,成立于1986年。DDBJ的主要职责是收集、存储、分析和发布日本的生物数据,包括DNA序列、蛋白质序列、基因组数据等。
国际上著名的一级核酸数据库有Genbank数据库、EMBL核酸库和DDBJ库等;蛋白质序列数据库有SWISS-PROT、PIR等;蛋白质结构库有PDB等。
主要是蛋白质的三维结构,还包括核酸、糖类、蛋白质与核酸复合物的三维结构。信息原子的空间坐标、引用文献、形成α-helix和β-sheet的氨基酸序列、双硫键连结模式、与蛋白质结合的ligand、参与生化功能的residue等。
2、蛋白质序列数据库的数据库分类
一级核酸数据库、二级核酸数据库、蛋白质数据库一级蛋白质数据库三大类。具体如下:一级核酸数据库:存储的是通过各种科学手段得到的最直接的基础数据。如测序获得的核酸序列等。
PIR和PSDPIR国际蛋白质序列数据库(PSD)是由蛋白质信息资源(PIR)、慕尼黑蛋白质序列信息中心(MIPS)和日本国际蛋白质序列数据库(JIPID)共同维护的国际上最大的公共蛋白质序列数据库。
一级。一级蛋白质数据库:存储的是通过各种科学手段得到的最直接的基础数据。如X射线衍射法获得的蛋白质三级结构等。MMDB就属于其中。
UniProt数据库 蛋白组学常用数据库UniProt(全称UniProt Protein Resource),建立于1986年,由Swiss-Protein、TrEMBL、PIR-PSD三大蛋白质数据库联合成立的,其信息量丰富、资源广泛,是目前公认的首选免费蛋白质数据库。
特性表中带有‘/db-xref/’标志的字符可以连接到其它数据库,如本例中的分类数据库(taxon9606),以及蛋白质序列数据库(PID:g181254)。
3、国际著名的三大蛋白质数据库
国际著名的三大蛋白质数据库有UniProt数据库、The Human Protein Atlas数据库、PhosphoSitePlus数据库。
PIR国际蛋白质序列数据库(PSD)是由蛋白质信息资源(PIR)、慕尼黑蛋白质序列信息中心(MIPS)和日本国际蛋白质序列数据库(JIPID)共同维护的国际上最大的公共蛋白质序列数据库,可在这里下载。
DDBJ(DNA Data Bank of Japan):DDBJ是日本的国家生物信息学中心,成立于1986年。DDBJ的主要职责是收集、存储、分析和发布日本的生物数据,包括DNA序列、蛋白质序列、基因组数据等。
二级核酸数据库:是通过对一级数据中数据的分析整理归纳注释构建的具有特殊生物学意义和专门用途的数据库。蛋白质数据库一级蛋白质数据库:存储的是通过各种科学手段得到的最直接的基础数据。
到此,以上就是小编对于蛋白质组学数据库的问题就介绍到这了,希望介绍关于蛋白质组学数据库的3点解答对大家有用。
[免责声明]本文来源于网络,不代表本站立场,如转载内容涉及版权等问题,请联系邮箱:3801085100#qq.com,#换成@即可,我们会予以删除相关文章,保证您的权利。 转载请注明出处:http://www.mxzdyx.cnhttp://www.mxzdyx.cn/wxby/4694.html