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蛋白质组学在癌症中的研究-蛋白组学在癌症中应用

蛋白质组学在癌症中的研究-蛋白组学在癌症中应用

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  1. 利用质谱技术进行临床癌症蛋白质组学研究
  2. 多组学高分文献1-子宫内膜癌的蛋白质组学表征
  3. 多组学高分文献8-弥漫型胃癌的多组学研究
  4. 多组学高分文献2-人类结肠癌的蛋白质基因组分析揭示了新的治疗机会
  5. 多组学高分文献14-乳腺癌定量蛋白质组学和蛋白质组学前景

1、利用质谱技术进行临床癌症蛋白质组学研究

利用软电离技术(ESI或MALDI)对肽段进行离子化,雾化的多肽可以通过离子迁移率进一步分离,从而降低一级质谱(MS1)的复杂性和二级质谱(MS2)的污染,并最终实现更大的蛋白质组覆盖率。

蛋白质组学的研究策略主要包括如下:质谱法:通过测量蛋白质的质量来研究其特性,包括串联质谱技术(MS/MS)用于确定蛋白质的氨基酸序列和翻译后修饰等信息。

蛋白质组学研究的基础技术主要包括以下两个方面:二维电泳 (2-DE):二维电泳是一个用于分离蛋白质的技术,其中第一维度是按照蛋白质的等电点分离,而第二维度是按照蛋白质的分子量分离。

质谱分析技术在蛋白质组学研究领域和生物大分子研究领域中,是相当重要的分析技术。

2、多组学高分文献1-子宫内膜癌的蛋白质组学表征

对95个子宫内膜癌进行了全面的蛋白质组学表征,包括83个子宫内膜样癌和12个浆液性肿瘤。

本篇研究对人类结肠癌进行了前所未有的分子表征,证实了蛋白质组学整合在揭示新型癌症生物学中的价值,并进一步证明了蛋白质组学在治疗假说产生中的实用性。

国家蛋白质科学中心(北京)和北京大学肿瘤医院的研究人员于2018年5月发表在《Nature Communications》的一项新研究表明,肿瘤和微环境中的蛋白质组学图谱可以为个性化治疗提供额外的信息。

在628个优先目标中,120个(19%)与使用具有高显着性和大效应大小(定义为A类靶标)的ANOVA鉴定的至少一种生物标志物相关,因此这些蛋白质对于药物开发特别有利。

3、多组学高分文献8-弥漫型胃癌的多组学研究

国家蛋白质科学中心(北京)和北京大学肿瘤医院的研究人员于2018年5月发表在《Nature Communications》的一项新研究表明,肿瘤和微环境中的蛋白质组学图谱可以为个性化治疗提供额外的信息。

表型组学(phenomics)是一门在基因组水平上系统研究某一生物或细胞在各种不同环境条件下所有表型的学科。多组学(Multi-omics)研究是探究生物系统中多种物质之间相互作用的方法。

对前瞻性收集的结肠癌队列进行了首次蛋白质组学研究。对配对的肿瘤和正常相邻组织进行的蛋白质组和磷酸化蛋白质组分析比较,得出了与结肠癌相关的蛋白质和磷酸位点,包括已知和推定的新生物标记、药物靶标以及癌症/睾丸抗原。

来自英国的研究人员在《 Biotechnology Advances 》发表综述文章, 探讨了多组学的数据整合机器学习方法及其应用(被用来深入了解正常生理功能和疾病存在时的生物系统),为计划在多组学研究中使用ML方法的跨学科专业人士提供见解和建议。

通常是同一批样本的多组学分析,常见有基因组、外显子、转录组(含非编码)、蛋白组、磷酸化组、代谢组等,也包含各类修饰组学,如DNA甲基化、m6A、蛋白的各类修饰。

4、多组学高分文献2-人类结肠癌的蛋白质基因组分析揭示了新的治疗机会

蛋白质组整合不仅将基因组推断的靶标(例如拷贝数驱动器和突变衍生的新抗原)确定为优先事项,而且还产生了新发现。

肿瘤基因突变相关T细胞亚群研究 作者接下来对高TMB和低TMB的CRC患者进行单细胞分析,揭示其独特的免疫细胞组成。

基因特征:一些家族性肿瘤综合症,如遗传性非息肉病结肠癌,可明显增加结直肠癌的发病机会。而且发病时间更为年轻。

虽然组织的蛋白质组学研究可探究生物机制信息,但临床蛋白质组学研究以发现新的生物标志物为主要目标,因此“体液”样品如血液(血清、血浆)、尿液、唾液、泪液和脑脊液等是较为理想的样品形式,还可用于检测癌症和治疗反应发展的纵向研究中。

蛋白质间的“相互作用组(interactome)”是我见过的最复杂的现象。代谢,以及代谢组学的学科,可以说是破朔迷离的蛋白质组学的主战场,从小分子,到以生物能量的角度洞察生命的真谛。

5、多组学高分文献14-乳腺癌定量蛋白质组学和蛋白质组学前景

蛋白质间的“相互作用组(interactome)”是我见过的最复杂的现象。代谢,以及代谢组学的学科,可以说是破朔迷离的蛋白质组学的主战场,从小分子,到以生物能量的角度洞察生命的真谛。

多组学研究在精准医学中的应用案例 多组学研究已经在精准医学中得到了广泛的应用。

Human Proteome Project)。

近年来质谱技术的进步有力地推动了蛋白质组学和代谢组学的研究,使临床将蛋白组学和代谢组学引入疾病的早期诊断成为现实。

临床蛋白质组学的研究前景 随着标准化、高通量的蛋白质组学技术不断发展,临床研究将向着更大队列的方向进步,这将使蛋白质组学研究结果更具有统计学意义,并提高蛋白标志物和药物靶点临床转化的效率。

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