靶向蛋白质组学技术prm-靶向定量蛋白组学
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1、利用质谱技术进行临床癌症蛋白质组学研究
利用软电离技术(ESI或MALDI)对肽段进行离子化,雾化的多肽可以通过离子迁移率进一步分离,从而降低一级质谱(MS1)的复杂性和二级质谱(MS2)的污染,并最终实现更大的蛋白质组覆盖率。这样的技术包括离子淌度(TIMS)和高强场离子迁移谱和(FAIMS)。
目前蛋白质组学研究在表达蛋白质组学方面研究的最为广泛,其分析通常有三个步骤:第一步、运用2-DE技术分离样品中的蛋白质;第二步、应用质谱技术或N末端测序鉴定2-DE分离的蛋白质;第三步、应用生物信息学技术存储、处理、比较获得的数据。
液体活检样本中的蛋白质组具有巨大复杂性,如蛋白质丰度和翻译后修饰持续且快速的变化,同时蛋白质组技术与高度复杂的测序技术相比仍存在一定局限性,导致蛋白质组学的探究仍然落后于基因组技术,且目前临床转化效率极低,仅通过40多个基于液体活检的蛋白组生物标志物。
质谱技术在蛋白质组研究中扮演关键角色,特别是双向凝胶电泳-质谱技术,它结合了高通量、高灵敏度和高精度。然而,这项技术仍有改进空间,如窄pH梯度胶和新型荧光染色技术的发展。新型分离技术如2D-LC、2D-CE和LC-CE等,以及质谱鸟枪法和CE-MS等策略,都在寻求替代或补充双向凝胶电泳。
高通量蛋白质定量技术的并行发展已使基于乳腺肿瘤的蛋白质分子表征迅速发展,2019年4月发表在《Nature Communications》的一项研究中,通过对来自5种乳腺癌亚型的共45个肿瘤样本进行基因组、转录组和蛋白质组检测,在PAM50分型的基础上展开研究并对乳腺癌分子分型进行了概述。
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