超表达载体构建检测引物-超表达载体构建原理
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1、如何设计引物超表达基因的全长引物??
因为OverlapPCR中间那个引物是互补的,所以第一轮的两段PCR片段可以通过那段互补序列粘在一起。
无论您是先提RNA再做反转录,还是直接从DNA中获得基因,考虑到模板的复杂性,都应当使用巢式PCR。建议您先从目的基因的上下游设计一段引物,即外引物,再根据目的基因上下游设计一段内引物。
引物的长度一般为15-30bp,常用的是18-27bp,但不应大于38,因为过长会导致其延伸温度大于74℃,不适于TaqDNA聚合酶进行反应。
在头尾两端设计引物。cdna序列选取一组引物,要求引物混合中不同引物的Tm值相近。cdna序列和所选的引物,计算符合头尾位点要求的引物混合成分。
2、载体构建的步骤
克隆目标基因:将扩增的目标基因连接到载体上,形成重组载体。这一步通常使用限制性内切酶进行切割和连接。 转化宿主细胞:将构建好的重组载体转化到宿主细胞中,使其在宿主细胞中复制和表达。
载体构建 一.原理 依赖于限制性核酸内切酶,DNA连接酶和其他修饰酶的作用,分别对目的基因和载体 DNA进行适当切割和修饰后,将二者连接在一起,再导入宿主细胞,实现目的基因在宿主细胞内的正确表达。
原理步骤如下:载体构建的原理:载体构建是指将外源DNA片段导入到特定的载体中,以便将其传递到目标细胞中。常用的载体是质粒,其具有自主复制和传递的能力。
根据你已知的序列设计带有酶切位点的引物。(2)PCR,跑胶,看看你的目的条带大小对不。(3)条带对的话再重新跑个大孔胶,然后切胶回收。
3、如何设计引物超表达基因的全长引物
因为OverlapPCR中间那个引物是互补的,所以第一轮的两段PCR片段可以通过那段互补序列粘在一起。
无论您是先提RNA再做反转录,还是直接从DNA中获得基因,考虑到模板的复杂性,都应当使用巢式PCR。建议您先从目的基因的上下游设计一段引物,即外引物,再根据目的基因上下游设计一段内引物。
引物长度一般在15-30bp。引物长度一般为15-30bp,常用的为18-27bp,但不应大于38bp,因为过长会导致其延伸温度大于74℃,不适于Taq DNA聚合酶进行反应。引物GC含量一般为40%-60%。
靶基因的确定:选择检测组共有的基因以避免检测的假阴性(漏检)。(2)检测片段的确定:选择检测组内的保守(突变少)(避免假阴性)、组间特异的序列(突变多)(避免假阳性)作为引物探针的设计位置。
4、LncRNA 过表达慢病毒载体引物设计
构建 lncRNA 过表达质粒或者慢病毒、腺病毒包装载体。原则上是将全长lncRNA 定向克隆到表达载体上实现 lncRNA 的过表达。然而有些 lncRNA很大或全长尚未分离,这时将视 lncRNA 在基因组上的定位采取不同的研究策略。
第一次PCR:F R1 cDNA→A,F1 R cDNA→B;因为F和R端是全长的两端。因此需要设计出所需要的酶切位点 ,这个可以根据自己的载体来确定。
下面我们以lncRNA PVT1的克隆和表达,分别采用T/A克隆,传统酶切-酶连克隆和无缝克隆进行示例。(1) T/A克隆 T/A克隆是把PCR片段与一个具有3’-T突出的载体DNA连接起来的方法(图15)。
5、构建载体时怎么设计引物
如果t载体上没有表达载体上需要的酶切位点,就要重新设计带酶切位点的引物,pcr扩增t载体后酶切并连表达载体。如果t载体上有需要的酶切位点,直接酶切后回收目的片段,连接表达载体即可。
第一次PCR:F R1 cDNA→A,F1 R cDNA→B;因为F和R端是全长的两端。因此需要设计出所需要的酶切位点 ,这个可以根据自己的载体来确定。
引物5’端可以修饰。引物5’端序列对PCR影响不太大,因此常用来引进修饰位点或标记物。验证引物的特异性:在“Primer Pair Specificity Checking Parameters”区,选择设计引物或验证引物时的目标数据库和物种。
设计引物加接头,扩增目的基因,连接到T载体上测序。
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