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理想的运载体是质粒（plasmid），在基因工程中，常用人工构建的质粒作为载体。

基因表达载体的构建：将目的基因与载体（大多数选用质粒）用DNA连接酶连接起来。将目的基因导入受体细胞：将含目的基因的重组质粒导入农杆菌（农杆菌为受体细胞）。

双元载体的构建。双元表达载体系统实际上就是一个质粒，双元载体包含两个部分，一个部分是能够被转移的T-DNA，另一个是能够帮助T-DNA转移的Vir区。

Joutsjoki（1993）构建了两种一步基因置换载体。一种载体含有Hormoconis resinae葡萄糖淀粉酶P的基因组基因（gamP），另一种含有相应的cDNA，都在T.reesei cbh1启动子控制下表达。这些载体经转化后置换T.reesei的cbh1基因。

构建克隆。将目的基因连接在特定的载体上，载体种类依据表达系统差异而不同。在载体上一般含有增强基因转录的promoter，不同系统中采用的promoter完全不同。 2，将克隆导入表达细胞中。在大肠杆菌，酵母和哺乳动物细胞中，构建的外源质粒直接导入细胞即可，这个过程称为转化或转染。

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